Organisationerna, däribland Naturskyddsföreningen, överklagade regeringsbeslutet och menade bland annat att det stider mot miljöbalken och inte byggde på korrekta faktabedömningar.
Mer detaljerat menade kritikerna att den tänkta metoden för att slutförvara kärnbränslet inte håller måttet. Metoden, KBS-3, bygger på tre barriärer som ska skydda människor och miljö från bränslet i 100 000 år – berget, leran och kopparkapseln. Miljöorganisationerna anförde till domstolen att leran inte kommer svälla och då fungera dåligt på grund av liten förekomst av vatten, att kopparkapseln riskerar att korrodera och att slutförvaret ska ligga i ett område med ökad risk för jordbävningar.
Högsta förvaltningsdomstolen konstaterar att "något praktiskt genomförbart alternativ till metoden inte finns i dag" och att invändningar mot metoden som presenterats inte ändrar de grundläggande slutsatserna om metodens säkerhet.
Sammantaget anser domstolen att det inte framkommit att regeringen felbedömt fakta. Det har inte heller framkommit att regeringen skulle ha brutit mot några andra regler och därför landar domstolen i att regeringsbeslutet ska stå fast.
Det var Naturskyddsföreningen, Jordens Vänner, Miljöorganisationernas kärnavfallsgranskning (MKG), Fältbiologerna, Naturskyddsföreningen Uppsala län och Naturskyddsföreningen Östhammar som överklagade regeringens beslut från januari i fjol att tillåta slutförvaret för använt kärnbränsle.