Det betyder att Uppsala äntligen bröt sin förlustsvit, som stannade på fyra förluster i rad.
Det här var Uppsalas första 3-0-seger.
Malmö stannar därmed på elfte och sista plats, och Uppsala på tionde plats, i tabellen.
Nästa motstånd för Uppsala är Sollentuna. Lagen möts tisdag 12 november 19.00 i Arena Satelliten, Sollentuna.