Matchen slutade 3-0 (25-20, 25-18, 25-18) i set.
Med tre omgångar kvar är Uppsala på tionde plats i tabellen, medan Malmö är på elfte plats.
Lagens första möte för säsongen vann Uppsala med 3-0.
Nästa motstånd för Uppsala är RIG Falköping. Lagen möts söndag 16 februari 17.00 i Fyrishov.