Matchen var helt jämn efter två perioder, innan Almtuna avgjorde.
Filip Ekberg slog till 9.32 in i tredje perioden och blev matchhjälte med sitt 2-1-mål.
Senast lagen möttes tog Djurgården en storseger med 8-3, men den här gången var det Almtuna som var starkare.
Den första perioden slutade 0-0. Efter 15.08 i andra perioden gjorde Djurgården 0-1 genom Linus Eriksson.
Almtuna gjorde 1-1 genom Albin Pedersen med 4.30 kvar att spela av perioden. 9.32 in i tredje perioden nätade Almtunas Filip Ekberg på pass av Albin Pedersen och Ludvig Mellgren och avgjorde matchen för Almtuna. Ekberg fullbordade därmed Almtunas vändning.
Almtuna har tre segrar och två förluster och 16-20 i målskillnad på de senaste fem matcherna, medan Djurgården har fyra vinster och en förlust och 19-11 i målskillnad. Det här var Almtunas sjätte uddamålsseger den här säsongen.
Almtuna ligger på tredje plats i tabellen efter matchen, medan Djurgården fortfarande leder serien, två poäng före Luleå.
I nästa omgång har Almtuna Timrå J20 borta i SCA Arena, fredag 3 november 18.00.