Matchen var helt jämn efter två perioder, innan Almtuna avgjorde.
Adrian Zetterberg slog till 6.34 in i tredje perioden och blev matchhjälte med sitt 2-1-mål.
Segern var Almtunas femte på de senaste sex matcherna.
Den första perioden slutade mållös. Almtuna gjorde 0-1 genom Jesper Valente efter 1.29 i andra perioden.
Timrå J20 kvitterade till 1-1 genom Hugo Engfors tidigt i perioden av perioden. 6.34 in i tredje perioden slog Adrian Zetterberg till framspelad av Liam Pettersson och avgjorde matchen för Almtuna.
Det här var Almtunas sjunde uddamålsseger.
Det här betyder att Timrå J20 ligger kvar på nionde plats i tabellen, och Almtuna på andra plats.
I nästa omgång har Almtuna Modo J20 borta i Hägglunds Arena, söndag 5 november 12.00.