Ahlerup tog över som vd i Dalkurd i januari 2018 efter att klubben precis hade flyttat till Uppsala. Sejouren i Dalkurd blev dock inte särskilt lång då Ahlerup i maj samma år lämnade uppdraget i samband med att storfinansiären Kawa Junad drog sig ur klubben. Hans tid i Uppsalaklubben finns inte heller nämnd i det cv som Svenska Innebandyförbundet skickade ut i pressmeddelandet då Ahlerup blev klar.
– Jag är oerhört stolt och glad att få möjligheten att tillsammans med styrelsen, medarbetarna på förbundet, de 21 distrikten ute i landet och Föreningen Svenska Superligan leda Svensk Innebandys framtida utveckling. Jag kommer att lägga mycket tid, energi och engagemang på att skapa goda förutsättningar så att vi tillsammans når våra mål, säger Ahlerup i pressmeddelandet.
Mikael Ahlerup ersätter den nuvarande generalsekreteraren Göran Harnesk som går i pension.
– I Mikael får vi en kompetent chef som kommer att leda kansliets arbete på ett modernt och professionellt sätt. Han är en förtroendeingivande person som kommer att kunna bygga viktiga relationer, både inom innebandyrörelsen och i förhållande till samarbetspartners och andra intressenter, säger Märit Bergendahl, ordförande för Svenska Innebandyförbundet.
Ahlerup har tidigare varit vd i AIK samt hos bland annat Orsa Grönklitt och Astrid Lindgrens värld. Han tillträder tjänsten i juni.