I början av matchen var Björklinge starkast och ryckte åt sig ledningen med 2-0 genom två snabba mål i mitten av perioden av Simon Gustafsson och Viktor Johansson.
Andra perioden blev mållös. Hammarby reducerade dock till 2-1 genom Alexander Johansson efter 12.57 i tredje perioden.
Björklinge kunde dock avgöra till 3-1 med 04.12 kvar av matchen genom Charlie Eklund.
För Björklinge gör resultatet att laget nu ligger på sjätte plats i tabellen, medan Hammarby är på sjunde plats.
Nästa motstånd för Björklinge är Älvsjö. Lagen möts fredag 14 januari 20.00 i IFU Arena.