Det betydde åttonde matchen i rad utan seger för Vattholma, som fortfarande är utan seger i division 4 Uppland herr i fotboll.
Heby AIF:s mål gjordes av Viggo Ejnarsson, Linus Klinthammar och Isac Sepulveda. René Williams stod för Vattholmas enda mål.
Heby AIF har tre segrar, en oavgjord och en förlust på de senaste fem matcherna, medan Vattholma har en oavgjord och fyra förluster.
Heby AIF ligger på femte plats i tabellen efter matchen, medan Vattholma är på tolfte och sista plats.
I nästa match möter Heby AIF Sunnersta borta och Vattholma möter Brottby hemma. Båda matcherna spelas söndag 29 maj 18.00.