Segern var Uppsalas sjunde på de senaste åtta matcherna.
Hammarby har två vinster och tre förluster på de senaste fem matcherna.
För Hammarby gör resultatet att man nu ligger på sjunde plats i tabellen, medan Uppsala leder serien.
I nästa omgång har Uppsala Eskilstuna United hemma på Lötens IP, söndag 26 juni 14.15.