Rami Younes fick rött kort redan i den femte minuten och Storvreta fick klara sig med en spelare mindre.
Matchen förblev jämn målmässigt till Vattholma tog ledningen i 32:a minuten, genom Filip Edlund.
I 44:e minuten kom 0-2 genom ett snöpligt självmål. Markus Norberg reducerade för Storvreta med knappa kvarten kvar. Mer än så blev det dock inte för Storvreta.
I den 88:e minuten blev Storvretas Johannes Hellström utvisad, och fick spela med en man mindre sista två minuterna.
1-3-målet kom i slutminuterna, med en minut kvar att spela, när Bismilla Sakhi Dad slog till och gjorde mål. Det fastställde slutresultatet till 1-3.
Storvreta har haft en tuff start på serien och har bara tre poäng efter tre spelade matcher. Vattholma har sex poäng.
Vattholma tar sig an Morgongåva i nästa match hemma lördag 6 maj 13.00.