Matchen slutade 2-1 (0-0).
Alexander Littlewood blev matchhjälte med sitt avgörande 2-1-mål på övertid.
Segern var Enköping SK:s fjärde på de senaste fem matcherna, och femte hemmasegern i rad.
Första halvlek blev mållös och det dröjde till den 70:e minuten innan Markos Issa gav FC Järfälla ledningen.
FC Järfälla såg länge ut att gå mot seger. Kvitteringen kom på övertid, när Alexander Littlewood slog till och gjorde mål för Enköping SK.
Det matchavgörande målet för Enköping SK kom direkt därefter när Alexander Littlewood på stopptid återigen slog till. Littlewood fullbordade därmed Enköping SK:s vändning.
Det här var Enköping SK:s tredje uddamålsseger den här säsongen.
Det här betyder att Enköping SK är kvar i serieledning, och FC Järfälla stannar på tredje plats, i tabellen.
Nästa motstånd för Enköping SK är Österåker United. Lagen möts söndag 9 juni 16.00 på Österåkers Friidrottsarena.