Misstaget skedde i förlängningen när försvararen Ibañez bytes in i stället för Pedro.
Tränaren Fonseca sade efter matchen att han inte var medveten om misstaget.
– Om där var ett problem, som jag ärlig talat inte kände till, så kommer vi att diskutera det internt, sade han.
Bara några minuter innan missen hade Roma dessutom dragit på sig två röda kort under loppet av två minuter. Matchen slutade 2–2 efter full tid, men Spezia vann med 4–2 efter förlängning.
Det är inte första gången den här säsongen som Roma har haft administrativa bekymmer. I september åkte de på en skrivbordsförlust mot Verona efter att ha spelat med en spelare som inte registrerats.