IFK Uppsala hade inför matchen sju matcher i rad utan förlust.
Målgörare för Stocksund var George Alchahin, Marcus Norrman och Hugo Ulfberg, medan IFK Uppsalas enda mål gjordes av Mechack Esperance Makuiza.
Stocksund har fyra segrar och en förlust på de senaste fem matcherna.
För IFK Uppsala gör resultatet att man nu ligger på sjätte plats i tabellen, medan Stocksund leder serien.
Nästa motstånd för IFK Uppsala är Hudiksvalls FF. Lagen möts lördag 4 juni 14.00 på Lötens IP.