Christian Ehigiator slog till efter 86 minuter och blev matchhjälte med sitt 3-2-mål.
Hammarby startade matchen bäst och tog ledningen tidigt i matchen. Christian Ehigiator gjorde målet, redan i 20:e minuten. Med en knapp halvtimme kvar att spela nätade Hugo Hoffsten och ökade ledningen för Hammarby.
I 69:e minuten nätade Gustav Jerpdal, och reducerade åt Sirius.
Bara sju minuter senare var det Melker Molin som såg till att Sirius kvitterade till 2-2.
Det matchavgörande målet kom i slutminuterna, med fyra minuter kvar att spela, när Christian Ehigiator på nytt slog till och gjorde 2-3 för Hammarby.
På tilläggstid fick Sirius Matteo Giovannini utvisad, och under de sista minuterna fick laget spela med en spelare mindre.
Det här var Sirius andra uddamålsförlust den här säsongen.
Resultatet innebär att Sirius ligger kvar på sjätte plats och Hammarby på fjärde plats i tabellen.
Nästa motstånd för Sirius är Gimonäs Umeå. Lagen möts lördag 15 juni 13.30 på Ålidhem Arena.