Matchen slutade 2-0 (0-0) efter mål av Hyaw Naizghi och Hossein Shojaeddin.
Segern var IFK Uppsalas femte på de senaste sex matcherna.
Första halvlek blev mållös, men i andra halvlek var det hemmalaget IFK Uppsala som avgjorde matchen.
För IFK Uppsala gör resultatet att man nu ligger på andra plats i tabellen, medan Heby AIF är på elfte plats.
Lagen möts igen på Tegelvallen, lördag 7 augusti 13.00.