Första halvlek blev mållös, och det dröjde till den 74:e minuten innan Samuel Östlund gav Viggbyholm ledningen.
Först med fem minuter kvar att spela ökade Viggbyholm ledningen genom Samuel Östlund på straff.
Viggbyholm gjorde också 0-3 genom Luca Treacy Kullenberg i 88:e minuten. Det fastställde slutresultatet till 0-3.
Det här betyder att Viggbyholm ligger på sjunde plats i tabellen, och IFK Uppsala är på 14:e och sista plats.
I nästa omgång har IFK Uppsala Skiljebo borta på Hamre, lördag 29 juli 13.00.