Och 2-1-ledningen i halvtid stod sig matchen ut efter en mållös andra halvlek.
Det var första segern för Gamla Upsala, efter 1-2 mot FC Stockholm Internazionale i premiären.
Målgörare för Gamla Upsala var Anton Pellettieri Hennig och Hampus Tjärnhell, medan Österåkers enda mål gjordes av Jonathan Gillberg.
I nästa match möter Gamla Upsala FC Arlanda hemma på lördag 12 juni 16.00.