Bakom segern låg ett mål var av Filip Cekol och Josef Jalil.
IFK Uppsala har två segrar och tre förluster på de senaste fem matcherna, medan FC Järfälla har en vinst och fyra förluster.
Resultatet betyder att båda lagen har oförändrad position i tabellen, IFK Uppsala på sjätte plats och FC Järfälla på åttonde plats.
Nästa motstånd för IFK Uppsala är Sandvikens AIK. Lagen möts söndag 7 augusti 14.00 på Lötens IP.