André Eliasson blev matchhjälte med sitt avgörande 3-2-mål efter 71 minuter.
Viggbyholm började bäst och gjorde 1-0 redan i matchupptakten. Efter bara tre minuter slog Axel Macquart-Moulin till.
Procyon kvitterade till 1-1 i 22:a minuten, genom Dioh Williams.
Procyon tog också ledningen i 32:a minuten, genom Erik Karlstrand.
Viggbyholm kvitterade till 2-2 strax före halvtidsvilan, ännu en gång genom Axel Macquart-Moulin. I den 63:e minuten fick Procyon Rodi El Malla utvisad, och fick spela med en man mindre sista 27 minuterna.
Det dröjde till den 71:a minuten innan André Eliasson avgjorde matchen. 3-2-målet blev matchens sista.
Det här betyder att Viggbyholm ligger på fjärde plats i tabellen, och Procyon är på nionde plats.
Nästa motstånd för Procyon är Sundbyberg. Lagen möts lördag 16 oktober 14.00 på Stenhagens IP.