Den 4 november 2016 slog bomben ner. Kort efter att Sirius herrlag tagit sig till allsvenskan och Sirius damlag gjort en av sina bättre säsonger så meddelade Sirius att damlaget från 2017 inte längre skulle vara en del av föreningen. Under arbetsnamnet ”Uppsala DFF” skulle laget bli en egen förening om Sirius medlemmar sade ja till att släppa platsen i elitettan till det nybildade laget. Medlemmarna röstade ja och efter flera veckors spekulationer så bildades föreningen officiellt under namnet IK Uppsala Fotboll. Tränare och sportchef blev Fredrik Bernhardsson som även hade ansvar för laget under sista året i Sirius. Han stod tillsammans med legendaren ”Perra” Hansson bakom initiativet att bryta sig loss. Målet var allsvenskan, men någon tidsplan presenterades inte.
Som en del i skilsmässan från Sirius fick Uppsala Fotboll ekonomiskt stöd under sitt första verksamhetsår från Sirius i form av att klubbens administration sköttes av Sirius.
Vid en presskonferens presenterades de nya färgerna vinrött och vitt, färger man valde genom att ta rött som symbol för Uppsala samt blått från Siriustiden och slå ihop. Lagets första match spelades i februari 2017 och historisk första målskytt blev nyförvärvet Therese Simonsson. Matchen mot Åland United slutade 1–1. Uppsala fick också en bra start på elitettan med seger 4–0, men sedan tog det stopp. Uppsala fick det aldrig att lyfta under debutsäsongen och slutade till slut på en blygsam åttondeplats, men där man under våren var stundtals riktigt illa ute.
Till säsongen 2018 satsade Uppsala stort med värvningar av amerikanskorna Jessie Davis samt Lana Spitler. Anslöt gjorde också bland annat Julia Ekholm, som hade vunnit F17-EM för Sverige, samt hemvändande målvakten Emelie Almesjö. Trots storsatsningen blev det platt fall igen. Precis som året innan tappade Uppsala mark direkt i början av säsongen och var borta från allt vad toppstrid heter redan efter några matcher. Kontraktet var aldrig i fara utan Uppsala avslutade åter säsongen på en åttondeplats. I samband med att säsongen tog slut meddelade klubben att Fredrik Bernhardsson inte skulle fortsätta som huvudtränare och sportchef.
Utgångsläget inför säsongen 2019 var allt annat än bra. Laget stod utan sportchef, tränare och spelare då bara Ellen Arbman Hansing hade kontrakt över 2019. Det var med andra ord en tuff uppgift som väntade nytillträdde Jonas Valfridsson som fick jobbet som sportchef och tränare. Resten är, som man brukar säga, historia. Valfridsson började med två tomma händer, men skapade ett lag för allsvenskan. Redan i cupen imponerade Uppsala stort med att ha allsvenska Djurgården på gaffeln och efter en lite seg start mot topplagen i serien så har inget kunnat stoppa Uppsala.
Cassandra Korhonen har öst in mål och efter att ha legat och jagat Hammarby hela säsongen så kunde Uppsala efter seger i den absolut sista matchen för säsongen på Kanalplan säkra allsvenskt avancemang. Detta efter bara tre år som egen förening. Nu väntar spel i Sveriges högsta serie för Uppsala Fotboll från säsongen 2020. Sagan fortsätter.
