Hemmalagets båda mål gjordes av Liam Schweitz, medan Destiny John gjorde gästernas mål.
Franke har en seger, en oavgjord och tre förluster och 5-9 i målskillnad på de senaste fem matcherna, medan IFK Uppsala har en oavgjord och fyra förluster och 3-12 i målskillnad. Förlusten var IFK Uppsalas andra uddamålsförlust.
Det här betyder att Franke ligger kvar på tolfte plats i tabellen, och IFK Uppsala på 13:e plats.
Lördag 3 juni 18.15 spelar IFK Uppsala hemma mot Österåker United.