Matchen slutade 0-2 (0-0) efter mål av Daniel Aramesh och Emrik Persson Engström.
Efter en mållös första halvlek tog IFK Uppsala ledningen i andra halvleken och hemmalaget lyckades inte resa sig.
Skiljebo har fyra vinster och en förlust på de senaste fem matcherna, medan IFK Uppsala har två vinster och tre förluster.
Det här betyder att IFK Uppsala ligger på sjätte plats i tabellen, och Skiljebo är på tredje plats.
Nästa motstånd för IFK Uppsala är FC Järfälla. Lagen möts söndag 31 juli 14.00 på Lötens IP.