Segermålet för Rö stod Viktor Pålsson för efter 88 minuter.
Första halvlek blev mållös och det dröjde till den 61:a minuten innan Miro Markström på straff gav Rö ledningen.
I den 73:e minuten kvitterade Benjamin Öhrn för Vattholma.
Det matchavgörande målet kom i matchens absoluta slutskede, med två minuter kvar att spela, när Viktor Pålsson slog till och gjorde 2-1 för Rö.
Förlusten var Vattholmas fjärde uddamålsförlust.
För tabellens utseende betyder det här att Rö ligger på åttonde plats medan Vattholma har niondeplatsen.
Nästa motstånd för Vattholma är Väddö. Lagen möts söndag 30 juni 09.30 på Vikingalunden.