Tävlingen skulle ha blivit Lins första sedan OS-succén i Paris där det också blev kontroverser kring henne och Algeriets OS-guldvinnare Imane Khelif.
Båda underkändes i ett könstest av Internationella boxningsförbundet IBA under 2023. Men Internationella olympiska kommittén, IOK, som bannlyst IBA, sade att testet inte var giltigt och gav bägge boxarna grönt ljus i OS.
Nytt världsförbund
"Hon är kvinna, har klarat alla kriterier för deltagande och deltog framgångsrikt i OS där hon vann guld", skriver Taiwans idrottsförbund i ett uttalande efter det nya bråket.
Stortävlingen i Sheffield arrangeras av World Boxing, det nya världsförbundet.
Taiwans idrottsförbund kritiserar det nya förbundets medicinska regelverk.
"Det saknar fortfarande IOK:s klara regler som försäkrar att idrottarnas rättigheter skyddas".
Lin hade erbjudit sig att genomgå en grundlig medicinsk undersökning i Storbritannien, något World Boxing sade nej till.
Taiwans idrottsförbund bestämde därför, "för att skydda Lin från ytterligare smärta", att stryka henne från startfältet.
Premiärministern har uttalat sig
Taiwans premiärminister Cho Jung-Tai sade på onsdagen att regeringen "aktivt ska jobba för att skydda och säkra" Lins rätt att delta i framtida internationella tävlingar.
World Boxing menar dock att Lin aldrig var anmäld till tävlingen och att förbundets riktlinjer inte stoppar henne från att delta. Det är upp till Taiwans förbund att fatta beslut om vilka boxare de vill anmäla till tävlingen, uppger en talesperson för World Boxing.