Förutom Jeffries greps hans partner och en tredje person inom ramen för den FBI-ledda utredningen.
Den federale åklagaren Breon Peace sade på en presskonferens att de tre anklagas för sextrafficking och för att ha varit inblandade i koppleri i flera delstater.
Jeffries och partnern har tidigare också misstänkts för att ha utnyttjat och förgripit sig på unga män vid fester paret anordnat i USA och på andra håll i världen. Redan i fjol kom det fram att paret utreddes för sexualbrott mot unga män mellan 2009 och 2015.
"Det här handlar om en Abercrombie-driven organisation för sextrafficking som genomsyrade företaget och gjorde det möjligt för de tre individerna som greps i dag att förgripa sig på mängder av unga aspirerande manliga modeller", säger ett målsägarbiträde till ABC.
I januari rapporterade BBC att Mike Jeffries anklagades för att ha utnyttjat över 100 män under sin tid som vd för bolaget och i höstas trädde flera personer fram med vittnesmål om övergrepp och sexuellt utnyttjande.
Jeffries var vd för Abercrombie & Fitch mellan 1992 och 2014 och har hyllats för att ha lyft bolaget under sin tid på posten. Både han och hans partner nekar till anklagelserna.
Även klädbolaget Abercrombie & Fitch utreder den tidigare vd:n.