Nio människor skadades, varav fyra allvarligt, enligt uppgifter från stadens brandkår.
Det är oklart varför taket föll in.
Omkring 120 gäster var ombord på båten, som låg ankrad i floden Spree.
Dussintals räddningsarbetare kallades till platsen, liksom räddningsbåtar när larmet kom sent på tisdagen. Det finns obekräftade uppgifter om att en konsert hållits ombord på fartyget.