"Utförandet av ordern om presidentens gripande har inletts", säger landets tillförordnade president Choi Sang-Mok i ett uttalande som fortsätter:
"Det här är ett avgörande ögonblick för att upprätthålla ordningen och rättssäkerheten i Sydkorea".
Närmare 1 000 poliser är på plats vid presidentens residens, men de har hittills inte kommit längre än till portarna i sitt nya försök att gripa Yoon Suk-Yeol.
"Utredarna var fast i ett dödläge med presidentens säkerhetsvakter efter att ha visat ordrar om husrannsakan och gripande", rapporterar sydkoreanska nyhetsbyrån Yonhap.
Blockerad entré
När dokumenten inte räckte för att få komma in utbröt "fysiska bråk" mellan polis och oidentifierade personer vid residensets entré.
På platsen fanns till en början också tusentals anhängare till expresidenten, de har enligt nyhetsbyrån AFP med visst våld från polisen skingrats. Ett 30-tal parlamentariker som fortsatt stöder expresidenten ska ännu vara kvar och bilda en mänsklig kedja för att stoppa polisen.
Medan residensets huvudentré är helt blockerad försöker polis ta sig in på baksidan, från en gångstig för bergsvandrare.
Polischef ska gripas
På tisdagen uppgav landets försvarsdepartement att militären beordrats att inte ingripa om polis vill gripa Yoon, utan bara agera för att skydda residenset, skriver Yonhap.
Ett försök att gripa expresidenten den 3 januari stoppades av säkerhetsvakter som fysiskt stoppade polisen, som därför förvarnat om att man skulle ta till mer "kraftfulla" metoder nu.
En arresteringsorder är också utfärdad mot den tillförordnade chefen för Yoons vakter efter händelserna den 3 januari.