Uppgiften kommer från den tyska riksåklagarmyndighetens presstjänst, enligt danska TV2 Fyn.
– Vi kan inte avslöja var (vapenlagret) fanns, men vi vet att det åtminstone fanns handeldvapen i lagret, säger presstalespersonen Ines Peterson till TV2.
Enligt Peterson upphörde vapenlagret på ön Fyn för två år sedan och eventuella vapen har troligen gömts på ny plats.
Uppgifter om att den islamistiska militanta Hamasrörelsen haft vapenlager i Danmark har tidigare förekommit inom tyskt rättsväsende.