Alla de ombordvarande 379 passagerare pÄ flygplanet frÄn Japan Airlines evakuerades, bekrÀftar flygbolaget för det japanska public service-bolaget NHK.
Av de sex personer som fanns pÄ kustbevakningsplanet har fem omkommit, skriver BBC.
Passagerarplanet flög frÄn Hokkaido till Tokyo nÀr det fattade eld vid kollisionen pÄ landningsbanan. Bilder och videoklipp som delats pÄ sociala medier visar passagerare i den rökfyllda kabinen som skriker.
Branden slÀcktes inte förrÀn efter att den rasat i mer Àn sex timmar, rapporterar Reuters med hÀnvisning till TBS.
Enligt Japan Airlines skadades 14 personer pÄ passagerarplanet, men ingen verkar ha blivit livshotande skadad.
Kontakt utreds
Vid en presstrÀff sÀger en tjÀnsteman frÄn Japan Airlines att flygbolagets uppfattning Àr att flyget hade fÄtt tillstÄnd att landa, men att kontakten med flygledningen utreds.
Den svenske flygsÀkerhetsexperten Hans KjÀll bedömer, utifrÄn det han sett av olyckan, att passagerarplanet kolliderade med det andra planet nÀr detta av misstag körde ut pÄ banan.
ââProblemet Ă€r att man har tvĂ„ olika flygledningskanaler, en för markoperationer och en för flygoperationer. Det kan vara koordinationsfel som gjort att man missförstod tillstĂ„ndet att köra in pĂ„ banan, sĂ€ger han och fortsĂ€tter:
ââTekniken Ă€r nog vĂ€ldigt god, men man ska aldrig glömma att det Ă€r mĂ€nniskor som styr tekniken. Det behövs bara nĂ„gra sekunders distraktion för att ett missförstĂ„nd ska uppstĂ„.
Trafikerad flygplats
Han drar en parallell till den hittills dödligaste olyckan pÄ Los Rodeos-flygplatsen pÄ Teneriffa 1977, nÀr tvÄ plan i tÀt dimma kolliderade pÄ startbanan. DÄ omkom 583 personer.
Haneda Àr en av Japans mest trafikerade flygplatser, och har inte haft nÄgra svÄrare incidenter de senaste Ären.
ââMen det Ă€r naturligtvis en hĂ„rd belastning pĂ„ flygplatsen, sĂ„ jag skulle tro att den bakomliggande orsaken till olyckan Ă€r stress med mĂ„nga plan att dirigera, sĂ€ger Hans KjĂ€ll.