En av kvinnorna, en 53-åring, hängdes i Urmia-fängelset tillsammans med fem män som dömts för knarkbrott.
Den andra kvinnan, en 27-åring, avrättades i Nishapur, dömd för att ha mördat sin man.
223 personer har avrättats hittills i Iran i år, enligt IHR, varav 50 i maj.
– De avrättade tillhör fattiga och marginaliserade grupper av det iranska samhället och hade inte rättvisa rättegångar, säger IHR-chefen Mahmood Amiry-Moghaddam.