Sedan förra veckan har hundratals skalv noterats. På tisdagsmorgonen hade det starkaste magnituden 4,9.
Santorini utgör tillsammans med mindre öar delar av en vulkan som senast hade smärre utbrott 1950. Men en expertpanel som studerar de pågående skalven har dragit slutsatsen att de "inte har kopplingar till vulkanisk aktivitet".
Därmed vet man varken varför marken skakar eller hur länge det kommer att pågå.
– Det är första gången detta händer, vi har aldrig sett det förut, säger forskningschefen Athanassios Ganas i grekisk tv.
Efthimios Lekkas, chef för statlig skalvberedskap, ser hopp i att skalvens epicentrum nu ser ut att flytta sig norrut, bort från ögruppen. Men även han uttrycker osäkerhet.
– Detta kan vara i dagar eller veckor. Vi kan inte förutsäga utvecklingen, säger han i tv.
De få turister som stannar kvar får en unik chans att uppleva de världsberömda vitkalkade miljöerna i ensamhet – något som numera är ovanligt till och med under lågsäsong.
– Det är fantastiskt här, så vackert, säger Joseph Liu från Kanton (Guangzhou) i södra Kina.
– Reseledaren berättade om skalven innan vi anlände, så de kom inte som någon överraskning.
Skadorna från skalven är hittills små. Det kan förändras om magnituden ökar till runt 6,0 eller högre, men experter uppger att risken för det är liten.