Vakthavande polis Henrik Svejstrup sade att 22 demonstranter befunnit sig inne i byggnaden på onsdagseftermiddagen, men att samtliga lämnat lokalerna efter uppmaning.
Demonstranterna anklagas nu för störande av ordning.
Ett 30-tal demonstranter från bland annat Grön ungdom befann sig utanför departementet under protesten.
Departementet Grøn trepart är inriktat på omställning av bland annat danskt jordbruk.