Den aktuella professorn arbetade på Akademiska sjukhuset samtidigt som han var medicinsk rådgivare åt biotechföretag som ägdes av Uppsalaentreprenören Bengt Ågerup.
2011 fick professorn låna 14 miljoner kronor från Ågerups koncern. Syftet var att professorn skulle köpa aktier i Olink AB, ett annat bolag i koncernen.
Låneräntan uppgick till 4 procent men enligt avtalet behövde professorn inte göra några ränteinbetalningar. Istället skulle ränteskulden löpande läggas till skulden på de 14 miljoner som han lånat.
2015 tecknades ett nytt låneavtal där räntan sänktes från fyra till två procent. Det speciella med det nya avtalet var att det gällde retroaktivt från 2011, det vill säga fyra år tillbaka i tiden.
Följden blev att den ackumulerade ränteskulden sänktes i efterskott. De obetalda räntorna på lånet uppgick till 2,6 miljoner kronor 2015 när avtalet skrevs om. Men i och med att räntesatsen justerades ner sjönk ränteskulden med 1,3 miljoner kronor.
Professorn lämnade inga upplysningar om lånet i sina deklarationer. Istället framkom det hela under Skatteverkets granskning av Bengt Ågerup då man fick fram dokument efter begäran om handräckning av myndigheter i utlandet.
Skatteverket anser att den sänkta räntan innebär en värdeöverföring till professorn. Myndigheten menar att beloppet utgör oredovisad lön för hans insatser åt Ågerupkoncernen. Därför har hans beskattningsbara inkomst av tjänst höjts med 1,3 miljoner kronor.
Professorn har överklagat till förvaltningsrätten. Enligt honom sänktes räntan för att den var för högt satt.
Han menar att han agerat inom ramen för sin roll som forskare och bara varit medicinsk rådgivare åt Ågerupkoncernen. Detta ska ha godkänts av Akademiska sjukhuset som uppges ha fakturerat Ågerupbolagen när han gått in som rådgivare.
Men Skatteverket har lyft fram att professorn varit styrelseledamot i flera koncernbolag och även haft fullmakt för att företräda ett av Ågerups ägarbolag.
Förvaltningsrätten anser att mannens insatser gått utöver kutymen för forskares kontakter med näringslivet och att han haft "en sådan ekonomisk intressegemenskap" att den efterskänkta räntan ska betraktas som lön.
Eftersom professorn inte tagit upp ränteuppgifterna i sin deklaration ska han dessutom betala en straffavgift.
Skatteverket har brottsanmält professorn vilket ledde till att en åklagare inledde en förundersökning som dock lades ner 2017.
Ytterligare ett tiotal personer i kretsen kring Ågerupbolagen har upptaxerats av Skatteverket. Myndigheten påstår att det rör sig om oredovisade löner medan flera av de upptaxerade personerna uppger att det handlar om lån eller gåvor från Bengt Ågerup.
Exempelvis har den beskattningsbara inkomsten för en annan Uppsalaprofessor höjts, i det fallet med 1,8 miljoner kronor. Skatteverket hävdar att ett Ågerupbolag betalat ut 1,8 miljoner till professorn som ersättning för mannens arbetsinsatser, dock utan att han deklarerat det som inkomst av tjänst.
Men enligt Bengt Ågerup rör det sig om en skattefri gåva till professorn.
Dessa tiotal ärenden gällande personer i kretsen kring Ågerupbolagen handlar sammantaget om cirka 20 miljoner kronor. De fall som hittills prövats i domstol har avgjorts till Skatteverkets fördel.