Odören – som vissa liknar vid kattpiss – ska vara som starkast kring Svartbäcken och Luthagen.
”Det luktar som tio surströmmingsburkar”, nämnde en av flera tipsare.
Även Uppsala kommuns kommuninformation har blivit uppmärksammande om den otrevliga fredagsupplevelsen.
– Vi håller på och jobbar och undersöker det här. För tillfället vet vi inte vad som har hänt, säger en anställd.
Mats Dahlen, miljöinspektör på Uppsala kommun, säger att hans arbetstelefon började "tokringa vid 16-tiden".
- Folk är oroliga och undrar vad det är som luktar.
Vad svarar du?
- Det kan vara nordostvindar som fört med sig lukten från pappersbruket Skutskär. Det är ingen farlig lukt det här. Det finns ett ämne som heter metylmercaptan som bildas som en oönskad produkt vid papperstillverkningen och det kan vara den lukten som känns.
Flera läsare uppger också att det luktar "Skutskär" i Uppsala. En läsare skriver: "Det luktar Skutskär. Bor i Skyttorp och brukar känna lukten där ibland. Är i Uppsala nu och känner igen lukten. Vinden måste ligga på ordentligt därifrån"
En annan läsare skriver på Facebook: "Det händer då och då att det doftar Skutskär i Svartbäcken, särskilt när det ska bli kallare med snö. Det här är annorlunda"
Rachel Stenback i Ulleråker skriver att hon märkte den "otroligt äckliga lukten när vi hämtade dottern på skolan. Nu har vi stängt fönstern och tänt doftljus för att få bort lukten".
Magnus Skyttberg, ledningsoperatör vid Storstockholms räddningscentral, säger att man fått många samtal från orolig allmänhet.
- Folk undrar om det kan vara något utsläpp. Vi vet inte var lukten kommer ifrån. Men vi har en bil som är ute och undersöker, säger Magnus Skyttberg.
Vid 17-tiden fortsatte tipstelefonen att gå varm på UNT.
- Jag känner lukten i Gamla Uppsala. Nu har lukten letat sig in i huset så det vara bara att stänga alla ventiler, säger en läsare till UNT.
Vi får också rapporter om att odören känns även i Björklinge, Örbyhus och Järlåsa. Även i Enköping och Tierp ska lukten kännas.
UNT:s reporter Anna Bill befinner sig i centrala Uppsala och berättar att flera fredagsshoppande Uppsalabor utefter gågatorna rynkar på sina näsor och känner den stickande lukten.
- Det luktar surströmming i hela stan, säger William Nordin som kände doften redan för 2 timmar sedan, alltså vid klockan 15.
Bertil Andersson skulle handla lite middagsmat och när han gick ut slogs han av den märkliga lukten.
- Det doftade fränt. Jag skulle säga kattpiss.
Aftonbladet rapporterar att odören ska kännas även i Strängnäs, Västerås, Katrineholm och Flen.
LÄS MER: Det här kan förklara lukten i Uppland
LÄS MER: Okända lukter gör oss oroliga - enligt doftexperten