Mannen är i 19-årsåldern. Han anhölls på onsdagen för våldtäkt men har i förhör nekat till misstankarna.
Läs mer: Våldtäkt i Stadsträdgården
- Det pågår många utredningsåtgärder nu men jag kan inte lämna några fler uppgifter, säger kammaråklagare Johan Strömbäck på torsdagen.
Övergreppet inträffade natten mot i måndags och anmäldes av anhöriga till flickan. Polisen spärrade av platsen och genomförde en teknisk undersökning för att försöka säkra spår efter gärningsmannen.
Sedan i helgen har två våldtäkter och två våldtäktsförsök inträffat i centrala Uppsala. Polisen har meddelat att de utreder fallen som separata händelser. Enligt polisens presstalesperson finns detaljer i utredningarna som pekar på att det rör sig om olika gärningsmän i samtliga fall.
Läs mer: Fyra överfall på fyra dygn