Enligt vd:n rör sig swish-transaktionerna om att täcka anställdas utlägg. "Krogbesök och exklusiva kläder", menar dock Skatteverket.
Amplexo AB arbetar med att ge stöd åt ungdomar som har placerats i familjehem, exempelvis på grund av kriminalitet.
Det är ett av de företag som synats av det regionala underrättelsecentret, RUC, i Uppsala där tolv myndigheter samarbetar, bland annat för att stoppa välfärdsbrott. Att Amplexo granskats av RUC hänger samman med att bolaget finansierats av skattepengar.
LÄS MER: Det här är underrättelsegruppen som utrett Amplexo.
Skatteverket hävdar att Amplexo betalat ut 5,9 miljoner kronor i oredovisade löner. 2,2 miljoner av beloppet uppges ha gått till företagets ägare, en Uppsalabo i 40-årsåldern.
Ägaren har swishat miljonbelopp från sitt privata bankkonto till anställda. Han har förklarat att han använt swish när det inte funnits pengar på företagets konto. För en stor del av transaktionerna saknas underlag i form av kvitton och räkenskaperna har varit så bristfälliga att bokföringen underkänts av företagets egen revisor.
I sitt svar till Skatteverket tillbakavisar företagsägaren påståenden om svarta löner. Enligt honom har han swishat anställda för att täcka utlägg de gjort för de placerade ungdomarna. Men Skatteverket anser att det ofta rört utgifter av privat karaktär som krogbesök och exklusiva kläder.
En annan man som haft en ledande ställning i Amplexo förekommer under 16 avsnitt i belastningsregistret. Han är dömd för bland annat rån samt alkoholsmuggling i stor skala. 2017 dömdes han till fängelse och näringsförbud för ekobrott.
Den som dömts för grova brott får inte arbetar med ungdomar. Trots det har mannen kunnat jobba åt Amplexo. I Skatteverkets utredning påstås han ha mottagit 103 000 kronor från företaget utan underlag i bokföringen.
2018 ansökte Amplexo om tillstånd för att starta konsulentstödd familjehemsvård. Men IVO, Inspektionen för vård och omsorg, gav avslag. Enligt IVO hade Amplexos ägare "visat ekonomisk misskötsamhet" i så hög grad att han ansågs olämplig för tillstånd.
Ägaren hade inte betalat sina skatter i tid, han hade personliga skulder och förekom i två konkurser i byggbranschen där brister uppdagats. I ett av konkursbolagen företrädde mannen CA-BA Uppsala AB. I strid med reglerna ska 350 000 kronor ha förts över från bolaget till mannens privata konto.
Amplexos ägare hade även nekats rotavdrag för renoveringar på 51 000 kronor. Renoveringarna ska ha gjorts av Effekt Bygg där han själv varit vd, men enligt Skatteverket saknades kvitton, skriver IVO.
Amplexos ägare vill inte kommentera.