Polisen larmades till institutionen, efter att männen upptäckts av några studenter på platsen.
- De har brutit upp en dörr och även krossat ett fönster. De båda männen är kända hos polisen sedan tidigare och var sannolikt ute efter att stjäla något, säger Tommy Karlsson, vakthavande befäl vid Uppsalapolisen.
Det båda gripna männen männen är i 50-års åldern och misstänkta för inbrott. Förhör har hållits med männen under dagen.
Männen blev på eftermiddagen anhållna av åklagare.