Enligt åtalet var flickan påverkad av alkohol och droger när hon utsattes för övergreppet på en ort utanför Uppsala.
Eftersom hon vid tillfället var under 15 år åtalas pojken i första hand för våldtäkt mot barn.
Den åtalade tonåringen har i förhör nekat till brott. Bland åklagarens bevis finns förhör med vittnen som träffat flickan kort innan händelsen.