Butiksägaren larmade polisen inbrottet vid 01.30 natten till torsdag.
-Han hade fått samtal från en kund som sett att någon var inne i hans butik, säger Torbjörn Karlsson, vakthavande befäl vid polisen i Uppsala.
Flera polispatruller skickades till platsen och upptäckte en krossad ruta i entrédörren.
En hunpatrull började att spåra i området men lyckades inte få tag i gärningsmannen.
-Vi har spärrat av butiken för en teknisk undersökning. Det är i nuläget okänt vad som har tillgripits, säger Torbjörn Karlsson.