Olyckan inträffade strax efter klockan åtta på torsdagskvällen, vid en järnvägsövergång vid Bergsbrunna strax utanför Uppsala. Övergångens bommar är stängda och ingen trafik kan passera spåret för tillfället.
Det dröjde ett tag innan räddningstjänsten lyckades hitta djuret som hade körts på.
– Rådjuret är upphittat nu. Vi kommer packa ihop våra grejer och sen lämna platsen, säger Oscar Davila på räddningstjänsten.
Ett växelfel vid Stockholm City skapade ytterligare förseningar och inställda avgångar mellan samma sträcka.