Förseningar upp till 20 minuter berör SL:s pendeltåg från Stockholm City mot Upplands Väsby/Märsta/Arlanda/Uppsala.
Arlanda Express och SJ-tåg är försenade med ett par minuter.
Enligt MTR, bolaget som opererar på sträckan på uppdrag av SL, är orsaken ett rälsbrott i Kummelby mellan Sollentuna och Helenelund.
– Rälsen har gått av. Exakt vad det beror på vet vi inte i nuläget. Sträckan är avstängd så det är ingen risk för olyckor, säger Maria Hansson, pressinformatör på MTR.
Felet beräknas vara lagat torsdag 17 januari klockan 05.00.
– Det är den prognos vi har men det kan komma att ändras om felet åtgärdas snabbare, säger Pär Aronsson, pressinformatör på Trafikverket.
I Helenelund kan tågen bara köra på ett spår, vilket innebär att flera operatörer nu måste samsas om i vilken turordning Arlanda Express, SJ och SL-pendeln ska få.
Arlanda Express och SJ prioriteras framför SL-pendeln, då dessa tåg inte stannar i Helenelund, vilket SL-pendeln gör.
Inga ersättningsbussar kommer att sättas in. Arbetet med att laga rälsen kommer att påbörjas först i kväll vid 20-tiden, uppger Maria Hansson.
– Reparatörerna kan inte göra något förrän det blir plusgrader och enligt prognosen kommer det inte att ske förrän till kvällen, säger hon.