Spårfelet gäller SL-pendeltåg på linje 40 mellan Södertälje C och Uppsala, samt fjärrtåg mellan Stockholm -Uppsala.
Enligt Trafikverket kan spårfelet leda till mindre förseningar i några dagars tid.
- Vi tror att det kommer vara 5-10 minuters förseningar. Föreseningarna beror på att det bara är ett spår som det går att köra på, säger Alexandra Elias, kommunikatör på Trafikverket.
Prognos när felet är lagat är på tisdag klockan 06.00.