Skadorna upptäcktes av ett vaktbolag under lördagsförmiddagen, som i sin tur larmade polisen som varit på plats och fotat skadegörelsen på Pluggparadiset, Ärentunaskolan och Storvretaskolan.
Utöver fönsterrutorna ska även två parkerade personbilar i närheten ha fått fönster krossade.
I nuläget finns inga misstänkta för brotten.
– Dessvärre finns det inte mycket att gå på, men vi hoppas på att det finns någon boende i närheten som kan ha sett något, säger Daniel Wikdahl, polisens presstalesperson för region mitt
Sammanlagt har polisen upprättat fem anmälningar om skadegörelse i ärendet.
Det är inte första gången Storvretaskolan utsatts för upprepad skadegörelse. Förra sommaren vandaliserades den två gånger inom loppet av en vecka.