Våldtäkten ska ha inträffat den tredje januari i en bil på en parkering i norra Uppsala.
– Men vi fick in detta först den sjätte januari efter det att sjukhuset kontaktade oss, säger Christer Nordström, presstalesperson vid Uppsalapolisen.
En man i 50-årsåldern kunde gripas den sjunde januari och sitter nu anhållen misstänkt för våldtäkten. Enligt polisen ska mannen och pojken vara bekanta.