Regeringens beslut att ge klartecken för civil flygtrafik, därmed också framtida kommersiell flygtrafik, kom i november 2013. Beslutet överklagades en månad senare av Naturskyddsföreningen och 69 närboende. Enligt de klagande finns det flera brister i regeringens beslut, bland annat saknas besked om på vilket sätt regeringen prövat ärendet gentemot miljöbalkens bestämmelser.
Regeringen konstaterar att Ärna som flygplats funnits under lång tid och att dess miljöpåverkan bevakas av tillsynsmyndigheten. Man hänvisar bland annat till de 19 villkor som ingick i länsstyrelsens tillståndsbeslut och för de ytterligare miljövillkor som under den fortsatta processen kommer att ställas innan det kan bli aktuellt med utökad verksamhet.
Svaret som ryms på två och en halv A4 innehåller ett stycke om att en samlokalilsering av militärt och kommersielllt flyg kan ge stora samordningsvinster:
"En breddad användning av en redan gjord infrastrukturinvestering är önskvärd och lämplig från samhällsekonomisk synpunkt"
De klagande vände sig mot att det är försvarsmakten och inte verksamhetsutövaren Uppsala airport som står bakom ansökan om utökad flygverksamhet. Regeringen svarar att man inte fann någon anledning att ifrågasätta att försvarsmakten stod som sökande då den i nuläget är flygplatshållare och verksamhetsutövare på Ärna. Regeringen sammanfattar i sitt yttrande att man finner inte skäl till någon annan bedömning än den som gjordes vid beslutet 2013.