Problemet ska ha uppstått mellan Stockholm Södra och Älvsjö och påverkar regional- och fjärrtåg. Även linje 40 Uppsala - Södertälje påverkas.
Oregelbunden trafik och inställda avgångar förekommer.
Enligt Trafikverket ska problemet lösas under natten till lördagen.
– Problemet beror på ett kontaktledningsfel, och det kommer lösas vid fem-tiden på morgonen, säger Ullrika Karlsson, presskommunikatör på Trafikverket, vid 16.50-tiden.
Vid 22-tiden uppgav Trafikverket att kontaktledningsfelet var fixat men att följdförseningar är att räkna med dygnet ut.