Men klockan 15.33 meddelades att trafiken börjat rulla igång igen. Fortfarande kan det dock förekomma förseningar och inställda avgångar.
– Vi sökte av spåren under en timme men påträffade ingen person, berättar polisens presstalesperson Magus Jansson Klarin.
Det var strax innan 14.30 på tisdagseftermiddagen som tågtrafiken stoppades mellan Gävle och Södertälje.
– Tågpersonal uppmärksammade att minst en person setts på spåren vid centralstationen i Uppsala. Vi var på plats med flera patruller och försökte hitta personen, säger Magnus Jansson Klarin på polisen.
Ett pendeltåg uppges ha hunnit rulla cirka 50 meter innan det stoppades.
Polisen sökte även av området med drönare utrustad med värmekamera.