Vattnet uppgick till en meter ovanför marken. Räddningstjänsten och Uppsala vatten fanns på platsen under söndagen.
– Översvämningen är under en gångväg och en järnvägsbro. Kommunen har pumpar som de använder och sedan har vi våra pumpar som vi jobbar med så att vattnet kommer gå ut i det vanliga dagvattensystemet, berättade Fredrik Dackland på Räddningstjänsten Mitt.
Räddningstjänsten trodde att översvämningen beror på att pumparna i dagvattensystemet hade gått sönder.
Inga fastigheter drabbades och vägen var framkomlig vid 13.30.
Enligt Uppsala vattens hemsida är vattnet avstängt på Stationsgatan 21-29, det finns ingen prognos för när vattnet ska komma tillbaka.