Uppsala kommun och Trafikverket har ännu inte kunnat enas om finansieringen och huruvida båda korsningarna eller bara den ena ska byggas.
– Nu tar vi med båda korsningarna i planen och samtidigt fortsätter vi diskussionen med kommunen, säger Trafikverkets regionchef Einar Schuch.
Vid S:t Olofsgatan planeras en tunnel med plats för biltrafik, spårtrafik och gång- och cykelbanor. Vid S:t Persgatan planeras en passage under spåren för fotgängare och cyklister.
Trafikverket föreslår också att kapaciteten på järnvägen mellan Uppsala och Stockholm ska utredas. Andra projekt i planförslaget är utbyggnaden till dubbelspår på Ostkustbanan genom Gamla Uppsala, mötesfri landsväg på riksväg 70 Enköping - Sala och mötesseparering på en 20 mkilomter lång sträcka på riksväg 56 Stingtorpet - Tärnsjö i Heby kommun.
Planförslaget, som gäller perioden 2014 - 2025, går nu på remiss och ska i höst lämnas till regeringen för fastställelse under nästa år.