Ny DNA-kopiator utvecklad
Med en ny metod, som utvecklats av forskare i Uppsala, är det för första gången möjligt att på en och samma gång i ett och samma prov masskopiera ett mycket stort antal olika DNA-fragment.
Han är en av forskarna bakom den nya metoden, som presenteras i det nya numret av den amerikanska vetenskapsakademins tidskrift PNAS.
Masskopiera arvsmassa
Att kunna masskopiera arvsmassa har varit möjligt sedan mitten av 1980-talet och är en förutsättning för mycket av dagens genetiska forskning. Tack vare den så kallade pcr-metoden går det att söka efter ett visst DNA-fragment i ett prov och, om det finns där, inom loppet av ett par timmar tillverka miljarder nya DNA-kopior av just denna utvalda DNA-snutt. Kopieringen är nödvändig för att från början omätbart små DNA-mängder ska bli mätbara.
— Nackdelen med pcr-metoden är att den i princip bara klarar av att masskopiera ett fåtal DNA-fragment åt gången. Det gör att metoden blir ganska omständlig vid undersökningar av en stor mängd olika DNA-fragment, säger Fredrik Dahl.
Diabetes och hjärtinfarkt
Mycket av dagens genetiska forskning går ut på att lära sig mer om hur samspelet mellan många olika genvarianter ser ut och hur det påverkar risken för folksjukdomar som till exempel diabetes och hjärtinfarkt. För att få kunskap om detta krävs undersökningar av hur ett stort antal genvarianter ser ut hos ett stort antal både friska och sjuka individer.
— Vår metod kommer inte bara att underlätta denna forskning. Så småningom bör den också kunna användas i rutindiagnostiken, till exempel för att ta reda på risken för en individ att drabbas av en viss folksjukdom, säger Fredrik Dahl.
Den nya metoden bygger på principen att det går att samtidigt göra kopior av många olika DNA-fragment, om dessa med speciell teknik först fås att bilda slutna cirklar.
Klipper upp i 1000 bitar
Med hjälp av ett enzym, phi29 polymeras, kan många olika sådana DNA-cirklar samtidigt kopieras i ett prov. Efter drygt en timme har ur varje cirkel på detta sätt skapats en lång DNA-sträng bestående av cirka 1000 intill varandra liggande kopior av den ursprungliga DNA-sekvensen.
— Denna DNA-sträng kan sedan med speciell teknik klippas upp i 1000 bitar av vilka 1 000 nya DNA-cirklar kan tillverkas, vilka var och en under nästa timme på nytt kan kopieras 1 000-falt och bilda underlag för nya cirklar och ny kopiering, förklarar Fredrik Dahl.
En miljard kopior
På så sätt kan man efter cirka tre timmar få en miljard kopior av varje ursprunglig DNA-sekvens, vilka om man så vill under nästföljande timme kan förökas till 1 000 miljarder kopior och så vidare.
— Det innebär att vår metod på några timmars sikt har lika hög kopieringskapacitet som pcr-metoden, men med den skillnaden att vi kan göra många olika kopior samtidigt, säger Fredrik Dahl.
När den nya "Uppsalametoden" prövats har forskarna hittills använt sig av på syntetisk väg framställda DNA-cirklar.
— Vi arbetar nu med att göra och kopiera cirklar av DNA som tas direkt från kärnan i riktiga celler. När det arbetet är klart bör vår metod kunna få vid spridning vid forskningslaboratorier över hela världen, säger Fredrik Dahl.
Så jobbar vi med nyheter